طالقانی طی حیات سیاسی خود دو بار به ده سال زندان محکوم شد. نخست در سال 1342 که پس از پنج سال زندان، در سال 1346 عفو و آزاد شد و دیگر بار در سال 1354 که پس از سه سال زندان در سال 1357 به دلیل فشار انقلاب بر رژیم شاه آزاد گردید. علت دستگیری آخرین دوره زندان وی ارتباط با اعضای سازمان مجاهدین خلق و تائید مبارزه مسلحانه بود. به گفته محمد مهدی جعفری، طالقانی در سال 1339 گفته بود: «به خدا قسم اگر زندگی و وظایف اجتماعیم اجازه می‌داد و گرفتاری های اجتماعی نداشتم لباس چریکی می‌پوشیدم و علیه این رژیم به کوه می‌زدم». در گزارش ساواک نیز آمده است: «طالقانی ضمن برقراری ارتباط با افراد فعال کادر مرکزی گروههایی همچون سازمان مجاهدین خلق، نهضت آزادی و جبهه ملی ایران در زمینه های مختلف به منظور پیشبرد مقاصد خرابکارانه فعالیت نموده است. یاد شده فردی است فوق العاده متعصب که درصدد گسترش فعالیت های ضد امنیتی بوده و امکان فعالیت حادتر از ناحیه مشارالیه متصور می‌باشد».
طالقانی پس از بازگشت از تبعید و پس از شهادت بنیانگذاران سازمان مجاهدین، با باقیمانده اعضای این سازمان تماس برقرار کرد و ضمن کمک مادی به آنها روحانیون را در حمایت از آنها تشویق کرد. البته حمایت وی به معنی تائید جزئیات افکار آنها نبود بلکه به معنی تائید مبارزه مسلحانه بود. البته در حمایت از اعضای این سازمان، او در میان روحانیون مبارز تنها نبود و روحانیونی همچون آقایان منتظری، مطهری، مهدوی کنی، رفسنجانی و لاهوتی نیز از این سازمان حمایت می‌کردند. به گفته هاشمی‌رفسنجانی: «در مبارزات مجاهدین خلق هم شماری از روحانیون کمک و حمایت می‌کردند. آقای طالقانی به اینها بیشتر خوشبین بود». البته موارد مختلفی از انتقاد های طالقانی به کتاب های سازمان نیز در خاطرات به ثبت رسیده است.
طالقانی در دوم آذر 1354 توسط دادستان ارتش دستگیر و زندانی شد. علت دستگیری او افشای ارتباطش با سازمان بود. پس از دستگیری وحید افراخته و محسن خاموشی دو تن از اعضای سازمان، ارتباط و کمک طالقانی به سازمان افشا گردید. در گزارش ساواک در این زمینه آمده است: «خرابکار معدوم، وحید افراخته در باره سید محمود طالقانی اظهار داشته، قبل از مارکسیست شدن گروه مجاهدین، کمک های زیادی به گروه مجاهدین در زمینه های گوناگون مثل امکانات مالی، اطلاعاتی، اخبار یا معرفی افراد مذهبی و بازاری کرده است. وی پس از تشکیل گروه و آغاز مبارزه مسلحانه، او همیشه مدافع این گروه و این مبارزه بوده است».
پس از دستگیری، وی بلافاصله به زندان کمیته مشترک ضد خرابکاری فرستاده شد. فریاد شکنجه شدن زندانیان سیاسی و مشاهده بدن های نیمه جان و خونین شکنجه شدگان برایش شکنجه بود. هرچند رژیم، طالقانی را به دلیل بیماری و پیری و جایگاه ویژه وی در نزد مردم از شکنجه معاف کرده بود، اما شکنجه شدگان را با بدنی خونین به اتاق وی می‌فرستادند تا شکنجه روحی شود. اولین خاطره‌ای که وی پس از آزادی از زندان نقل می‌کند چنین است: «شکنجه روحی من زیاد بود و مخصوصاً همه چهل روزی که در کمیته بودم، دائماً صدای ضجه و فریاد زندانیان سیاسی به گوش می‌رسید». پس از انتقال وی به اوین برای آنکه به تسلیم وادارش کنند، دخترش را که قبلا دستگیر شده بود به حبس ابد محکوم کردند. طالقانی تا مدت‌ها در زندان بلاتکلیف بود، نه کیفر خواستی علیه او صادر کرده بودند و نه دادگاهی تشکیل داده بودند. سرانجام دادگاهی فرمایشی تشکیل شد و وی را به ده سال زندان محکوم کرد.
مأموران و زندانبانان احترام ویژه‌ای برایش قائل بودند و سایر زندانیان از چنین امتیازی برخوردار نبودند. یکی از زندانیان خاطرات این دوران را چنین توضیح می‌دهد: "طالقانی به خاطر شخصیتی که داشت از اقتدار خاصی برخوردار بود. همه به او احترام می‌گذاشتند. وقتی می‌خواست روسای زندان را ببیند فقط پیغام می‌فرستاد و آنها خود برای دیدن او می‌آمدند. من یک بار دیدم که منوچهری و تهرانی (از شکنجه گران زندان) آمدند و در حضور آقا خیلی مودب ایستادند و آقا حرفش را زد و آنها سرشان را به نشانه تأئید تکان دادند. رفتار مرحوم طالقانی به نحوی بود که موافق و مخالف همه به او احترام می‌گذاشتند."
اعظم طالقانی دختر ایشان یادآوری می‌کند: «وضع پدر در زندان طوری بود که روی او حساب می‌کردند. آنچه را که می‌گفت، ولو اینکه مایل به انجام آن نبودند، ولی در ظاهر هم که شده انجام می‌دادند». طالقانی در زندان با سایر علما هم بند بود. ایشان به سبب بیماری و پیری و برخورداری از آوازه از شکنجه در امان بود. یکی از همبندان وی می‌گوید: «طالقانی در مقابل ماموران با تمام شخصیت اظهار وجود می‌کرد و حتی صریحاً آنها را می‌کوبید».
به‌دنبال کودتای مارکسیست‌ها در سازمان مجاهدین، طالقانی به همراه سایر روحانیون زندانی به این نتیجه رسیدند که باید چگونگی تعامل مبارزان مسلمان با مارکسیست‌ها روشن شود. البته اعلامیه این گروه از روحانیون مکتوب نگردید و فقط به‌صورت شفاهی گفته شد. در گزارش ساواک آمده است وقتی از طالقانی سؤال کردند چرا این موضوع را کتبی نمی‌نویسد، اعلام داشت: «برای اینکه رژیم از این موضوع سوء استفاده نکند، از نوشتن خودداری کرده، لیکن وظیفه مسلمانان است که آن‌را به دیگران بگویند».
طالقانی در زندان تفسیر قرآن و نهج البلاغه می‌گفت. جلال رفیع از همبندان طالقانی می‌گوید: «آقا هر روز در زندان از ساعت هشت تا نه صبح تفسیر قرآن می‌گفت. بسیار آرام و با ابهت. این فیض را هم من یافته بودم که یک ربع قبل از شروع تفسیر ایشان، قرآن بخوانم. آقا هر روز پس از صبحانه به‌خصوص در روزهای سرد زمستان عبایش را بر سر می‌کشید و در طول حیاط زندان، تنها و ساکت و آرام سر به اندیشه، قدم می‌زد. دکتر شیبانی هم‌بندی‌هارا صدا می‌زد و از جمله مرا که بیا و قرآن را بخوان. صدای قرآن که بلند می‌شد آقا از حیاط به اتاق می‌آمد و در گوشه راست اتاق که جای همیشگی ایشان بود می‌نشست و تفسیر قرآن شروع می‌شد». 
در آخرین دوره زندان طالقانی، سن ایشان 65 سال بود و در شمار پیرترین زندانیان بود. مضافاً اینکه فشار خون و بیماری قند داشت و بیماری و پیری او را بسیار رنجور و ناتوان کرده بود. با این همه استوار و سرافراز ایستاد و در مقابل رژیم شاه سرخم نکرد و آماده تحمل ده سال زندان یا مرگ در زندان شد. وی امیدی به رهایی از این زندان و زنده ماندن نداشت و می‌پنداشت که فرشته مرگ را در همین زندان ملاقات می‌کند. به گفته وی «در زندان وضع مزاجیم طوری بود که احساس می‌کردم آخرین زندان باشد و نجات و زنده ماندنم را بعید می‌دانستم. یادم می‌آید زمانی که وکلای صلیب سرخ جهت بازدید زندان آمده بودند و وضع مزاجی و ناراحتی‌هایم را دیدند از مدت محکومیت من جویا شدند. مأمورین جواب دادند ده سال بازدید کنندگان گفتند: «با وضع مزاجی ایشان بهتر بود که یک مرتبه به ابد محکوم می‌کردید!».
رژیم مجبور شد که پس از چند روز طالقانی را به بیمارستان شهربانی منتقل و مداوا کند. بیماری طالقانی زنگ خطری برای رژیم شاه بود. چرا که اگر وی در زندان در می‌گذشت بسیاری آن را باور نمی‌کردند و رژیم را مسئول آن می‌دانستند. یک روز ازغندی سربازجوی ساواک به طالقانی گفت: «ما علاقه مند هستیم شما تشریف ببرید و از طالقانی شنید من با پای خود نیامده ام هر وقت مرا رها کردید می‌روم». ازغندی گفت: «آزادی شما مقدمه ای دارد. شما درخواست عفو بنویسید. من خودم پیگیری می‌کنم و جوابش را می‌گیرم. آنگاه شما می‌توانید تشریف بیرید و طالقانی خنده کنان گفت: «اگر می‌خواستم از این چیزها بنویسم که اینجا نبودم». ازغندی اصرارکنان گفت: «شما متوجه حال خودتان نیستید. این‌قدر تعصب به خرج ندهید و طالقانی پاسخ داد: «نه تنها من درخواست عفو نمی‌نویسم، بلکه هیچ‌ یک از هم لباس هایی من چنین کاری نمی‌کنند».
رژیم سرانجام به زانو درآمد و سپهبد مقدم در گزارشی به شاه می‌نویسد: «وضعیت نامبردگان (طالقانی و منتظری) از جهات مختلف مورد توجه قشریون مذهبی است و در تظاهراتی که در ایران و خارج از کشور  از طرف گروه‌های مذهبی انجام گرفته، آزادی یاد شدگان از زندان درخواست و تبلیغاتی نیز در این زمینه از طرف گروه‌های مذکور صورت گرفته و می‌گیرد. در صورتی که در اثر شدت یافتن بیماری، خطری متوجه سلامت و زندگی آنها شود، این موضوع می‌تواند دستاویز جدید برای تبلیغات ضد میهنی گروه‌های قشری مذهبی و مخالف باشد». بدنبال موافقت شاه در شامگاه هشتم آبان ماه 1357 نامبردگان از زندان آزاد شدند. آزادی طالقانی به دلیل سوابق و جایگاهش بازتاب وسیعی در محافل داخلی و خارجی داشت.
از صبح هشتم آبان عده زیادی از مردم در مقابل درب زندان اجتماع کرده و برای آزادی طالقانی لحظه شماری می‌کردند. از میان جمعیت شیخ مصطفی رهنما، به داخل زندان رفت و پس از ملاقات با رئیس زندان، طالقانی را از داخل زندان تا بیرون همراهی کرد. عده ای از شدت شوق می‌گریستند و عده‌ای شادی می‌کردند و گروهی زنده باد طالقانی می‌گفتند. طالقانی از ابراز احساسات مردم به وجد آمد و اشک در چشمانش حلقه زد. آنگاه سوار اتومبیل به سمت خانه خود که سه سال از آن دور بود، حرکت کرد. از آن پس خانه طالقانی به کانون اصلی انقلاب تبدیل شد. روزانه هزاران نفر از مبارزین سیاسی، سیاستمداران سابق، هم بندان وی، خبرنگاران و گزارشگران و سایر مشتاقان برای دیدار با طالقانی عازم خانه وی می‌شدند. سپس تهران شاهد تظاهرات 250 هزار نفری در حمایت از وی بود. روزنامه اطلاعات در صفحه اول خود از تظاهرات 200 هزار نفری سخن گفت. این تظاهرات به دعوت جبهه ملی برگزار شد. این عده با تجمع در سبزه میدان به طرف خانه طالقانی حرکت کردند و داریوش فروهر سخنگوی وقت جبهه ملی برای مردم سخنرانی کرد.
وی پس از زندان در راه سازماندهی مبارزات انقلابی از پای ننشست و در فواصل مختلف بیانه های تاثیرگذار صادر کرد. به گفته هاشمی‌رفسنجانی: «آیت الله طالقانی بعد از آزادی از زندان، محوری شده بود برای طیف گسترده ای از طرفداران مبارزه. طالقانی صدای سخنگوی انقلاب شده بود. منزل مسکونی و ستاد وی که اکنون از سوی محافظان داوطلب پاسداری می‌شد، مرکزی برای هماهنگی انقلاب و انتشار اخبار، اطلاعات و بولتن هایی بود که از پاریس می‌رسید. در عین حال، خانه او مأمنی برای سربازان و افسران فراری از ارتش شاه بود».
یازدهم آبان ماه 57 نامه ای از سوی امام خمینی(ره) خطاب به طالقانی ارسال شد و در آن ایشان را از شخصیت هایی برشمرد که «عمر گرانمایه خود را در راه آزادی و استقلال کشور و مخالفت بی امان با دستگاه جبار و غارتگران بین المللی صرف نموده اند». طالقانی نیز در پاسخ وضعیت نهضت را بسیار حساس، مسئولیت مبارزان حق طلب را سنگین ارزیابی نمود و نوشت «اینجانب مصمم هستم که تحت هدایت و یاری پروردگار، در کنار برادران مبارز و مسلمان خود زیر پرچم واحد و نظم سازمان متشکل انقلاب توحیدی، با ارشاد و هدایت آن مرجع گرانقدر تا پایان راه که وصال به آستانه پروردگار است، ادامه دهم.»
طالقانی پس از مشورت با همفکران خود تصمیم گرفت ستادی برای ارتباط با مردم و پیشبرد انقلاب شکل دهد و منزل مسکونی وی به این امر اختصاص یافت. وی این تلاش‌هارا خارج از چارچوب فعالیت های متداول حزبی و بدون وابستگی به جریان های همچون نهضت آزادی و جبهه ملی انجام می‌داد. وی در امر مبارزه جمع کثیری از رهبران سیاسی – مذهبی را در محل ستاد گرد آورد. طالقانی در این مدت در برگزاری راهپیمایی‌ها، سازماندهی اعتصابات، ارتباط با نظامیان، مرکزیت دادن به اطلاعات، انتقال به‌موقع پیام ها، سخنرانی‌های امام در سراسر کشور و کمک رسانی به خانواده مبارزان و شهدا نقش عمده‌ای داشت. ایشان همچنین در برگزاری راهپیمایی‌هادر روزهای تاسوعا و عاشورا، فریاد های سراسری الله اکبر مردم پشت بام‌ها و ایجاد وحدت سراسری و اتحاد نیروهای سیاسی نقش عمده‌ای ایفا نمود. وی براینکه راهپیمایی‌ها به تظاهرات ملی و همگانی تبدیل شود با بسیاری از چهره‌های با سابقه جبهه ملی رایزنی نمود و اعلامیه مفصلی را صادر کرد. این دو راهپیمایی به لحاظ حجم و گستردگی، یکپارچگی تا آن روز در تاریخ ایران سابقه نداشت و به نقطه عطفی در تحولات انقلاب مبدل شد. حسین فردوست در کتاب خاطراتش از این روز چنین یاد می‌کند: "شاه در روز تظاهرات عاشورا به همراه ازهاری نخست وزیر وقت با بالگرد از تمام شهر بازدید کرد او هنگامی‌که خیابان‌ها را مملو از جمعیت دید از ازهاری پرسید. پس موافقان من کجا هستند؟ از هاری پاسخ داد. در خانه هایشان قربان! شاه که با مشاهده این وضعیت آخرین امیدهای خود را از دست رفته می‌دید گفت: پس فایده ماندن من در این مملکت چیست؟" طالقانی که در آن روزها رهبری مبارزات داخلی را در دست داشت در نامه ای از تحصن کنندگان در دانشگاه تهران حمایت و دانشگاه را از کانون های اصلی همبستگی ملت ایران دانست و برای تشییع پیکر استاد نجات اللهی اعلامیه مستقلی صادر کرد و علی رغم ممنوعیت‌ها و محدودیت‌های اعلام شده رژیم، در صف مقدم تظاهر کنندگان حضور داشت.

منابع:
- زندگینامه سیاسی آیت الله طالقانی، علیرضا ملائی توانی، نشر نی، 1389
- پیک آفتاب، پژوهشی در کارنامه زندگی و فکری سید محمود طالقانی، محمد اسفندیاری، صحیفه خرد، 1383
- همراه انقلاب، جلال رفیع، امیر کبیر، 1364

محمود فاضلی