علامه طباطبایی در اوایل ورود به قم؛ از شهر تبریز؛ برای عده‌ای از فضلا درس فقه و اصول و معقول می‌گفت؛ بعد‌ها در مسجد سلماسی واقع در چهار راه بیمارستان، درس تفسیر را هم شروع کرد. درس عرفان ایشان نیز در مدرسه آقای حجت برگزار می‌شد که شاگردانی چون آقایان مطهری و منتظری و بنده و... داشتند.
علامه طباطبایی در طول تاریخ اسلام بهترین مفسر علی‌الاطلاق است، چون قرآن را با قرآن تفسیر می‌کرد. این تفسیر قرآن با قرآن در میان علمای تفسیر در کل تاریخ اسلام یا خیلی کم بوده و یا اصلاً وجود نداشت. بنابراین به اعتقاد من ایشان اعلم مفسرین تاریخ اسلام هستند. ایشان در زمان حضور خود در قم چهار جلد تفسیر نوشتند. البته خیلی مختصر به طور قوله تعالی و در بعد فقهی قرآن وارد نشدند تا به حوزه‌ای‌ها ضرری نخورد چون در حوزه‌ها فقه حساسیت بیشتری دارد. مسئله مرجعیت و مرید و..... همه به فقه مربوط می‌شود. از خود علامه هم پرسیدم چرا شما در فقه وارد نمی‌‌شوید گفتند:‌ «مرا به خاطر اصل طرح کردن قرآن دارند تحت فشار می‌گذارند. اما اینکه من این کار را می‌کنم چون مثل آن زمان نیست که یک مرجع متمرکز باشد، الان متعدد است. در ثانی من جانم فدای قرآن. می‌خواهند هر چه بکنند. باید حرف حق را زد. باید نهضتی ایجاد شود برای احیای قرآن. خیلی‌ها قرآن می‌خوانند. از بعد لفظی خوب می‌خوانند، اما محروم از معانی.»
من و آقای مهدی حائری تهرانی به ایشان اصرار کردیم که تفسیر را به طور مفصل شروع بفرمایید که چاپ شود. اما ایشان از نظر اقتصادی در وضعیت خوبی به سر نمی‌بردند و منزل نداشتند تا اینکه یکی از دامادهایشان، دکتر مناقبی به تبریز رفت و زمین‌های مربوط به ایشان را احیا و خانه‌ای تهیه کرد.
در زمان فعالیت‌های حزب توده در میان علما نگرانی‌هایی ایجاد شد که علامه طباطبایی در پاسخ به نیاز جوانان، جلساتی ترتیب داد و حتی برای آنکه فضای دانشگاهی تهران و محافل دیگر را نیز با دیدگاه‌های قرآنی خود و توحید اسلامی آشنا سازند، بعضی روزها بعد از نماز صبح سوار اتوبوس‌های آن زمان، که بسیار بی‌کیفیت و پر سر و صدا و کم سرعت بودند، به تهران آمده در گوشه‌ای از دانشگاه الهیات یا دانشسرای تربیت معلم می‌نشست و کتاب‌ها و افکار و نظرات توده‌ای‌ها را با آرامش خاصی برای جوانان نقد و حلاجی می‌کرد. به این امید که در حد وسعش بتواند از گرایش نسل جوان ایران به جذب توده و افراد مادی بکاهد.
از سوی دیگر با افزایش فعالیت‌های کمونیستی و انتشار مجدد نشریات طرفداران دکتر آرانی، در بین جوانان افکار و عقاید کمونیستی ترویج می‌شد. لذا با علامه طباطبایی صحبت شد که شب‌های پنج شنبه و جمعه، جلسه‌ای در این باره در خدمت ایشان باشیم. در نتیجه همین جلسات کتاب معروف خود، اصول فلسفه و روش رئالیسم را نوشتند. ما هم کتاب‌های دیگر درباره کمونیسم را مطالعه کرده و در مورد آنها بحث می‌کردیم. در این مجلس آقایان مطهری، حائری تهرانی، دکتر بهشتی، سبحانی، بنده و آقای امینی در خدمت ایشان بودیم. این جلسه سال‌های متمادی ادامه پیدا کرد. (بعدها در تهران، آقای مطهری بر کتاب روش رئالیسم پاورقی تهیه و بارها به چاپ رساندند.)
البته علاوه بر این ارتباط علمی و ترتیب مجالس درس؛ بین بنده و خانواده علامه طباطبایی و آقا شیخ مهدی حائری تهرانی ارتباط صمیمی و نزدیکی وجود داشت.  زندگی ساده علامه طباطبایی همیشه زبان‌زدِ عام بود، در هوای سرد زمستان همان عبای نازک تابستانی خود را بر تن داشت و بعد از ورود به جلسه درس تا ده دقیقه می‌لرزید و پس از کنترل خود درس را شروع می‌کرد. پسرش عبدالباقی برای من نقل می‌کرد که زمستان‌های بسیاری غذای آنها نان و ماست بوده است.
آیت‌الله‌ طباطبایی دو برخورد با آیت‌الله بروجردی پیدا کردند؛ هر چند بعضی از اطرافیان هم بیکار ننشستد و آتش را دامن زدند.
برخورد اول اینکه در تهران خواستند دوره بحارالانوار علامه مجلسی را تجدید چاپ کنند، ‌آن را در یکصد جلد به قطع وزیری برآورد کرده بودند. بانیان امر از علامه طباطبایی خواستند که در موارد لازم، پاورقی‌هایی بر نظرات علامه مجلسی یا احادیث و منقولات بحار بزنند؛ و ایشان هم پذیرفتند. این پاورقی‌ها با نامی که اشاره به لقب علامه طباطبایی بود از جلد اول تا پنجم ادامه یافت.
شنیدیم که از نجف اشرف و گویا بیشتر آیت‌الله شاهرودی به آیت‌الله بروجردی پیشنهاد شد نگذارد آقای طباطبایی که اهل فلسفه است، چنین پاورقی‌هایی بر بحار بزند؛ حال نمی‌‌دانم آیت‌الله بروجردی چه اقدامی داشتند. در هر حال پیشنهاد علمای نجف به صورت اعتراض درآمد؛ با این باور که حق این است که نوشته علامه تند و زننده است و فقط برای مباحثه بین‌الاثنین (دو نفره) معمول میان اهل علم خوب است، نه این که بنویسند و به دست عامه مردم بدهند؛ آن هم از حوزه که بر اساس حفظ و نشر احادیث و اخبار و فقه و احکام دینی استوار است، نه فلسفه‌دانی و افکار حکمای یونان و روم. بر فرض که علامه مجلسی در مباحث فلسفی مانند علامه طباطبایی که رشته تخصصی ایشان فلسفه بود وارد نبوده، ولی نباید به دفاع از فلاسفه، عالم دینی بزرگی چون او را بدان‌گونه تخطئه کرد.
باری؛ اعتراض علمای نجف به آیت‌الله بروجردی و تذکرات ایشان به علامه طباطبایی به جایی رسید که فرمودند:‌ «اگر آقای طباطبایی به این کار ادامه دهد، ناچارم چیزی بگویم. «سخن علامه طباطبایی این بود که» علمای نجف به آقای بروجردی فشار آوردند جلوی مرا در نوشتن پاورقی‌های بحار بگیرد و کار به آنجا کشیده که ایشان هم پیغام داده فلانی در مجلدات بعدی اصول فلسفه و روش رئالیسم، که روی جلد آن نوشته سیدمحمدحسین طباطبایی، طوری بنویسد که با حسین طباطبایی متفاوت باشد.» ایشان با ناراحتی ابراز داشت:‌ «آقای بروجردی مطمئن باشید کسی شما را فیلسوف نمی‌داند تا مطلب بر وی مشتبه شود.»
هنوز ماجرای نوشتن پاورقی ایشان بر بحار فروکش نکرده که گفتند آیت‌الله بروجردی فرمودند:‌ «این همه فلسفه‌خوانی در حوزه به چه دردی می‌خورد؟» و چون در این گونه موارد اطرافیان ایشان آتش‌بیار معرکه بودند، از آن هراس داشتیم، مبادا آیت‌الله‌ بروجردی سخنی در منبر بگویند و مغرضین آن را کش داده و ماجرایی برای علامه طباطبایی پیش بیاید. آیت‌الله‌ بروجردی می‌دانستند که خیلی از طلاب در درس فلسفه علامه طباطبایی و برخی دیگر از فضلای فلسفه‌گو حاضر می‌شدند؛ ولی بارها فرمودند: «حوزه‌های علمیه شیعه تا امروز آنقدر فلسفه‌خوان نداشتند. اگرچه جناب سیدمحمدحسین طباطبایی مرد بزرگی است، ولی حضور این همه جمعیت جوان در درس فلسفه شاید نتیجه خوبی به دنبال نداشته باشد. چرا که ظرفیت افراد با هم متفاوت است. از این گذشته، این افزایش تعداد شرکت‌کننده مغایر با اهداف حوزه‌های علمی شیعی است.»
آقایان مکارم و دوانی و سبحانی و آقا سیدمرتضی جزایری خدمت آقای خمینی(ره)‌‌ رفته و از ایشان خواستند هر طور شده آیت‌الله بروجردی را ببینند و ایشان را متوجه غرض‌ورزی مغرضین بکنند. اما فرمودند:‌ «در این باره نمی‌شود چیزی به آقای بروجردی گفت» و چون آقای سبحانی اصرار کرد، گفتند:‌ «آقای بروجردی خودشان اهل معقول (فلسفه و علوم عقلی) هستند و با فلسفه مخالف نیستند. وقتی در بروجرد بودند و خبر به قم رسید که ایشان گذشته از فقه و اصول معقول هم تدریس می‌کنند چند نفر از مقدسان به ایشان نوشتند یا رفتند بروجرد و کاری کردند که ایشان درس معقول را ترک کردند. آقا سید محمد حسین مرد بزرگی است؛ حفظ ایشان با این مقام علمی لازم است.»
فرمودند:‌ «وقتی من در صحن حضرت معصومه(س) حکمت می‌گفتم، حجره‌ای انتخاب کرده بودم که حدود 17 نفر جا داشت؛ عمداً چنان جایی را انتخاب کردم که بیشتر نیایند. به آنها هم که می‌آمدند و افراد خاص و شناخته شده‌ای بودند، یک هفته بعد می‌گفتم درس مرا بنویسید و بیاورید. اگر فهمیدند اجازه می‌دادم وگرنه می‌گفتم شما نباید فلسفه بخوانید. چون مطالب فلسفی را درک نمی‌کنید و باعث زحمت خواهید شد؛ هم زحمت خودتان و هم زحمت من. چون خواهید گفت:‌ ما پیش فلانی فلسفه خواندیم. آقای بروجردی را نمی‌شود دید؛ آن هم برای این کار. نمی‌گذارند آن طور که می‌خواهید مطالب را به ایشان بگویم. به نظرم خوب است آقا سیدمحمدحسین چند ماهی درس معقول را تعطیل نماید و برود مسافرت‌؛ تا وضع فعلی قدری آرام گیرد و بعد که برگشت برای عده کمتری و در جای کناری درس خود را بگوید. فعلاً صلاح در این است تا بعد چه شود.» به آقای سبحانی هم فرمودند ایشان هم چند ماهی تعطیل کنند اما ایشان قبول نکردند.
یکی دو روز بعد، موضوع را به استاد علامه طباطبایی گفتند. اول حاضر نبودند درس را تعطیل کنند ولی بعد قبول کردند و به مسافرت رفتند و قضیه خاتمه یافت، دیگران نیز تعطیل کردند و مغرضان هم ساکت شدند. 
متأسفانه فلاسفه اغلب به بیراهه می‌روند. فلسفه علامه طباطبایی یک فلسفه متعادل بود. حتی در اصول چهارگانه نیز اشکال در فلسفه بسیار دیده می‌شود. آیا فلسفه قرآن معصوم است یا فلسفه آقایان؟ این فلاسفه قرآن را با عقل خودشان محک می‌زنند. به طور مثال می‌گویند روح مجرد است. در حالی که این مسئله خلاف عقل، علم و خلاف کتاب و سنت است. محکم‌ترین محکمات قرآن این است که خدا مانند ندارد. روحی که مجرد است، ناقض تجرد خداوند است. مجرد جا و مکان ندارد ماده جا و مکان دارد. اگر روح مجرد است چرا متعدد هم هست؟ خود انسان دارای چند روح است: روح نباتی، روح حیوانی، روح انسانی.
کلاس تفسیر علامه طباطبایی حالت قدغن داشت و عده کمی شرکت می‌کردند. تفسیر، رسمیت نداشت، هنوز هم ندارد. سابقه هم نداشت در میان ما. متأسفانه قرآن صددرصد محور دروس علمی نیست. قرآن که در میان کتب آسمانی کتاب وحیانی پایانی است و کامل‌ترین کتاب است و پاسخ احتیاجات مکلفان را در بر دارد، تقریباً کنار رفته. به همین جهت فتاوای فقهای شیعه و هم فتاوای فقهای سنی و هر دو با یکدیگر اختلاف دارند. در حالی که قرآن، محور احکام است. قرآن، بیان‌للناس، تبیان لکل شیء، بلاغ و نور است و بیان خدا در لفظ و معنا از هر بیانی حتی از بیانات قبلی خدا در کتب وحیانی، مهم‌تر، روشن‌تر و کامل‌تر است. با این حال از جمله حرف‌هایی که می‌گویند این است که قرآن ظنی‌الدلاله است. در حالی که خداوند اعدل، اعلم و اکرم و در کل جهات از کل خلائق برتر است. چطور در آخرین کتاب آسمانی که بیانگر نیازهای مکلفان است تا روز رستاخیز بیان خدا قاصر باشد؟ بیان من و شما واضح است، ولی بیان خدا قاصر است؟ ولی می‌گوییم قرآن ظن‌الدلاله است و معلوم نیست به چه دلالت می‌کند؟ در حالی که از جمله آیاتی که قرآن را دلیل یگانه، بی‌نظیر و ابدی می‌داند این آیه است:‌ «واعتَصِموا بِحَبلِ الله جَمیعا وَ لا تُفَرِّقوا» – به ریسمان خدا چنگ بزنید و پراکنده نشوید – حبل‌الله، قرآن است. حبل‌الله فرموده، نفرموده که دو حبل، سه حبل. حبل‌الله ریسمان وحیانی، رسالتی و پایانی قرآن است، سنت هم هست، ولی سنت در حاشیه قرآن است. سنت بیانگر رموز رمزی قرآن است. کلمات دال قرآن خودشان بیانگر هستند. «القرآن یُفَسِّرُ بَعضُه بعضاً و ینطق بعضاً علی بعض.» قرآن خود خویشتن را تفسیر می‌کند. قرآن خودش بهترین تفسیر، مفسر مطالب دیگر و هم مفسر خودش است. چطور قرآنی که مفسر خودش و آیین و افصح و انور همه چیز است نیازمند بیان دیگر است؟ آیا بیان رسول مهم‌تر است یا بیان خدا؟ پس احتیاج به سنت رسول‌الله صلوات‌الله علیه در بعد معنا کردن آیات دال قرآن نیست، در بعد معنا کردن حروف رمزی قرآن است. کل مؤمنان امر شدند به اعتصام به حبل‌الله، واغصموا نیست، اعتصموا است. اعتصام یعنی چنگ آویز شدن، بسیار دقیق و عمیق و رقیق.
از قرآن احیاناً استفاده می‌شود ولی آنجا که خودشان قبول دارند اگر قبول ندارند استفاده نمی‌‌شود. این واویلا است که امام رسول گرامی(ص) و امام ائمه(ع) که قرآن است پشت سر نهاده شود و در خفا قرار گیرد. اینها که می‌گویم بر محور تفسیر علامه طباطبایی یا تفسیر الفرقان است. قرآن در آیاتی چند، دلیل شرعی خود را فقط یک دلیل دانسته، در سوره کهف آیه 27 آمده است: «‌‌ای ‌پیغمبر! آنچه به تو وحی شده است از کتاب پروردگارت که قرآن است بخوان.» برای کلمات قرآن هرگز تبدیل کننده‌ای ‌وجود ندارد. حتی بعد از اینکه خدا قرآن را وحی کرد، هیچ کس حتی خدا هم قرآن را تبدیل نمی‌‌کند. محال است تو غیر از قرآن پناهگاهی پیدا کنی و رسالتی بیاوری.
در سوره جن هم گفته که جز خدا هیچ پناهگاهی برای پیغمبر نیست. حضرت محمد(ص) که بزرگ‌ترین و خاتم پیامبران است، اعقل عقلا و اعلم علما است جز قرآن هیچ پناهگاه رسالتی و وحیانی ندارد. تز دکترای من در مورد ستارگان از دیدگاه قرآن بود. اساتید حاضر در جلسه مدافعه آقایان راشد، مشکات و عامری (وزیر دادگستری) همه گفتند که ما از این موضوع سر در نمی‌‌آوریم، خودتان توضیح دهید که پس از توضیح بنده، درجه فوق ممتاز را به من دادند.
بعدها که کتاب ستارگان از دیدگاه قرآن چاپ شد، آقای مشکات در لندن گله کرد که چرا اسم دانشگاه نیامده، گفتم:‌ «شما همه تصویب کردید که این کتاب مربوط به دانشگاه نیست.» آیت‌الله‌ علامه طباطبایی نیز بعد از مطالعه کتاب گفتند:‌ «این کتاب نه دانشگاهی و نه حوزه ایست بلکه فقط قرآنی است.»من در حین تدریس و تحصیل در دانشکده الهیات دانشگاه تهران از سنت و روش استادم آیت‌الله‌ علامه طباطبایی در طرح مباحث الهی میان جوانان غافل نماندم. روزهای آخر زندگی آقای طباطبایی هر روز به منزلشان می‌رفتم، صحبت و حرف زدن برای ایشان بسیار مشکل بود، اما هر گاه توان صحبت داشتند با من صحبت می‌کردند. روزی فرمودند:‌ «من می‌توانم از شما خواهشی کنم؟» گفتم:‌ «امر بفرمایید.» فرمودند:‌ «خواهش می‌کنم تا پایان نیافتن الفرقان، برای هیچ چیز قلم روی کاغذ نگذارید.» گفتم: «چشم!» و همین کار را هم کردم. در سال‌های بعد از انقلاب اسلامی با تألیف ادامه تفسیر الفرقان، چند مجلد تفسیر برای طبع به لبنان بردم.

نویسنده: ‌حسین روحانی صدر